玉髓和玛瑙在外观上的区别主要在于表面的条带状纹路和晶体构造。玛瑙的条带状纹路十分明显,色彩相当有层次,而玉髓的颜色比较单一,即使有颜色混杂的情况,两种颜色的分割线也不是很明显,不会出现明显条带状纹路。在结构上,玉髓是隐晶质集合体,内部分子微小,肉眼观察不到,而玛瑙则是经常混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体,常见的为同心圆构造,颜色不一,视其所含杂质种类及多寡而定,通常呈条带状、同心环状、云雾状或树枝状分布。

玉髓和玛瑙都有其独特的魅力,它们都可用作工艺美术品材料,而玛瑙因其佛教七宝之一的名气,备受重视。但无论是从物理结构、条纹、晶体构造还是从成分上来看,玉髓都可以说是透一些的玛瑙,不透的不是玉髓。